１９５６年、千種区谷口町にTEAM宣教師により「千種伝道教会」として設立され、１９８８年に「千種キリスト教会」と改称して日本同盟基督教団に加入、２０００年に現在地に移転しました。２０１３年４月より、畑田祐二牧師が赴任。２０１９年４月からは神尾鋼行牧師が赴任。

　会堂の黄色は、１９９3年より１９９６年まで当教会で奉仕されたＳ・Oハンセン宣教師の母国スウェーデンのナショナルカラーにちなみます。黄色は「キリスト・自由・独立」を表すと言われています。